运行期故障是电磁流量计经过调试并正常运行一段时期后出现的故障，常见的运行期故障一般是由流量传感器内壁附着层、雷电打击以及环境条件变化等因素引起。
1）传感器内壁附着层
因为电磁流量计是常用来测量脏污流体，运行一段时间后，常常会在传感器内壁积聚附着层而产生故障。这些故障往往是因为附着层的电导率太大或太小而造成的。若是附着物为绝缘层，其电极回路将会出现断路，电磁流量计就不能正常工作；若是附着层电导率显著高于流体电导率，则电极回路将出现短路，流量计也不能正常工作。所以要及时清除电磁流量计测量管内的附着结垢层。
2）雷电击
雷电击容易在电磁流量计线路中感应出高电压与浪涌电流，会使流量计损坏。它主要是通过电源线或者励磁线圈或传感器与转换器之间的流量信号线等途径引入，尤其是从控制室电源线引入占绝大部分。
3）环境条件变化
在调试期间因为环境条件较好（例如没有干扰源），电磁流量计工作正常，就往往容易疏忽安装条件（例如接地并不怎么良好）。在这种情况下，一旦环境条件发生变化，运行期间出现新的干扰源（列如在流量计附近管道上进行电焊，附近安装上大型变压器等），就会干扰流量计的正常工作，电磁流量计的输出输出信号就会出现波动。
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